JPGIS準拠データは、地理情報標準、特に最新の地理情報標準プロファイル(JPGIS)に準拠した形式になっています。地理情報標準に準拠したデータとは、データの構造を示した「応用スキーマ」、データの最終的な形式を示した「符号化規則」、データの精度についての基準を示す「品質評価手順」及び「品質評価結果」、データの概要を示す「メタデータ」等をルールに従って作成し、これらをまとめた「製品仕様書」に従ってデータを作成（変換）しています。
最終的なJPGIS準拠データはXML形式のデータとして作成、提供されます。フォーマットの形式などについては、製品仕様書内の符号化規則および応用スキーマを参照してください。
国土数値情報（JPGIS準拠データ）の応用スキーマ、符号化規則等をまとめた製品仕様書は、それぞれのデータのダウンロードページで閲覧・ダウンロードすることができます。